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小学、初中阶段的语文和数学等基础型使用上海市统编教材；英语课使用牛津出版社的美语教材，另以上海统编教材为辅； 高中部采用融合中国优秀教育元素和国际教育主流思想的教育模式，在完成国家要求的中文、地理、历史和思想政治的基础上，开设美国高中课程和AP大学先修课程。
学校为寄宿学生安排了生活老师，以负责学生日常起居； 小学宿舍为6-8人间；初中宿舍为4-6人间；宿舍和教学楼皆使用环保材料建造装修，装修后即可入住，且有环保鉴定书可供监查； 学生的住宿时间为：周日晚返校，周五放学可离校。
双语小学部执行上海市五年制小学课程方案，同时开设双语课程以及学校特色课程，包括德语、国学、烘焙、戏剧、收纳、马术、游泳、武术、手工坊、快乐农庄、机器人、礼仪、领导力、超脑麦斯及诵读等课程。
上海新纪元双语学校国际高中预备班，是专为现读初二、已经确定高中进入国际学校的孩子定制的个性化国际教育计划：读完初二，直接进入国际部，攻读国际高中预备课程，为高一正式进入国际高中打下扎实的基础，从而确保高中阶段的学业优势。
2020年，上海新纪元双语学校邀请奥地利维也纳国立音乐学院，德国柏林艺术大学, 德国美因茨国立音乐学院，奥地利维也纳市立音乐学院，美国犹他州立音乐大学等一流音乐大学博士学位音乐家，建立了上海新纪元双语学校-音乐英才培养项目，以外籍音乐家为师资主体。
